من أجل تسيير فعال للمرفق العمومي للتطهير، وبالتنسيق مع الجماعات المحلية، يتواجد الديوان الوطني للتطهير على النحو التالي:

• بشكل مباشر في 54 ولاية، عبر ثلاث عشرة (13) منطقة وثلاث (03) مديريات للتطهير، بما يعادل 58 وحدة.
• بشكل غير مباشر في أربع (04) ولايات (الجزائر، تيبازة، قسنطينة ووهران)، من خلال مساهمته في فروعه، وهي: سيال (SEAAL) بولاية الجزائر العاصمة، سياكو (SEACO) بولاية قسنطينة، وسيور (SEOR) بولاية وهران.

وبالنظر إلى الاستثمارات الكبيرة الموجهة لأنظمة التطهير في ولايتي ورقلة والوادي، فقد تم تنظيمهما في ثلاث مديريات للتطهير تابعة للمديرية العامة، وهي:

• مديرية التطهير بالوادي.
• مديرية التطهير بحوض ورقلة.
• مديرية التطهير بوادي ريغ (تقرت).